De S3 Scanner-app is een onmisbaar tool voor alle Pharmanex Biophotonic S3 Scanner operators over de hele wereld. Met deze app kunnen operators via Bluetooth verbinding maken met hun S3-apparaten om een carotenoïdenscan van iemands hand te maken. De app bevat ook allerlei tools en informatie die zowel voor operators als de gescande personen interessant zijn. Tot deze tools behoren het volgen van iemands huidcarotenoïdenscore (SCS), demografische informatie, correlatiegegevens over levensstijl/factoren, scanbestanden en ondersteuningslinks.